Dopo l’impaludamento del porto e due violenti terremoti, nel 1223 e nel 1255, Siponto viene abbandonata e gli abitanti si trasferiscono nella nascente città fondata nella seconda metà del XIII secolo dal figlio dell’Imperatore Federico II di Svevia, re Manfredi, e chiamata in suo onore Manfredonia o, sotto il successivo dominio angioino, Sypontum Novellum. I resti della basilica paleocristiana a tre navate con abside centrale e pavimento a mosaico testimoniano il ruolo di Siponto quale sede di una delle più importanti diocesi della regione. Pregiati pavimenti musivi relativi alla fase di edificazione della basilica (IV sec. d.C.) e alla sua ristrutturazione, avvenuta nel secolo successivo, sono visibili all’interno della Basilica Medievale di Santa Maria Maggiore.
La Basilica Medievale, edificata tra il XII e il XIII secolo, rappresenta uno dei più fulgidi esempi dell’architettura romanica pugliese. Ha la forma di un cubo sormontato al centro da una piccola cupola e una cripta con ingresso dall’esterno. Per la costruzione e la decorazione architettonica furono reimpiegati materiali della più antica Siponto (colonne, capitelli). Pregevole il portale con archivolto, sostenuto da due colonne poggianti sul dorso di un leone.
La Basilica di Siponto è stata premiata con la Medaglia d’Oro dell’Architettura Italiana – Premio Speciale alla committenza 2018, il più importante premio d’architettura italiano istituito dalla Triennale di Milano in collaborazione con il Mibac.

A partire dal 2016 nel Parco Archeologico di Siponto ha visto la luce il progetto Dove l’arte ricostruisce il tempo, una innovativa installazione in rete metallica opera del giovane artista lombardo Edoardo Tresoldi che richiama, nelle forme, l’ultima fase dell’antica basilica paleocristiana.
Composta da 4.500 metri di rete elettrosaldata zincata, la basilica di rete metallica è alta 14 metri e pesa in tutto circa sette tonnellate. La coraggiosa scelta di far dialogare archeologia e arte contemporanea rientra in una visione complessiva di paesaggio inteso nella sua complessità temporale fra testimonianze del passato e attualità del presente. Nello stesso anno il Parco Archeologico di Siponto ottiene il maggior numero di voti in occasione della IV edizione del premio intitolato alla memoria del professor Riccardo Francovich e assegnato dalla Società degli Archeologi Medievisti Italiani (SAMI) al museo o parco archeologico italiano in grado di rappresentare la migliore sintesi fra rigore dei contenuti scientifici ed efficacia nella comunicazione degli stessi verso un pubblico di non specialisti.