La città, citata dagli autori classici per la sua posizione geografica privilegiata, fu scalo commerciale strategico nel collegamento tra Occidente e Oriente. Il primo stanziamento sorse nel XVI secolo a.C. ed ebbe continuità di vita fino all’età del Ferro, quando tutto il territorio della Puglia era abitato dagli Iapigi. Intorno alla fine del VI sec. a.C., Egnazia si connotò come insediamento della Messapia, corrispondente alle attuali province di Brindisi e Lecce. A partire dal III sec. a.C., con la presenza romana nel territorio, la città subì trasformazioni dal punto di vista urbanistico e dal I sec. a.C. acquisì lo status di municipium, assumendo grande importanza grazie alla presenza del porto e della via Traiana. Dal VI sec. d.C. la parte bassa dell’abitato venne progressivamente abbandonata e lo stanziamento continuò sull’Acropoli, fino al XIII secolo.

Il percorso espositivo, diviso in 7 sezioni, narra le vicende che hanno caratterizzato la ricerca archeologica ad Egnazia e l’evoluzione storica del sito dal XVI sec. a.C. fino al XIII secolo d.C., momento in cui l’area viene abbandonata.
I reperti e le immagini illustrano le peculiarità del primo insediamento di capanne in Età del Bronzo, l’influenza della cultura iapigia e messapica, di cui la Tomba delle Melagrane rappresenta un eccezionale esempio di tomba a camera dipinta di IV secolo a.C.; infine la fase romana e quella paleocristiana con la città che diventa sede vescovile. L’ultima sezione raccoglie le testimonianze relative alla presenza longobarda e alle ultime tracce di frequentazione dell’area. Della città romana si possono ammirare i resti della Via Traiana, della Basilica Civile con l’aula delle Tre Grazie, del Sacello delle divinità orientali, della piazza porticata, del criptoportico e delle terme. Tra gli edifici di culto cristiano, sorti tra il IV ed il VI sec. d.C., si segnalano la Basilica Episcopale con il battistero e la Basilica Meridionale, originariamente pavimentate con mosaici.