Le prime notizie certe risalgono al 1279, in epoca angioina. In questa fase, il castello era a pianta rettangolare caratterizzato da cinque torri quadrate, una per ogni spigolo, con la quinta probabilmente posta presso la porta principale, trasformate in cilindriche durante il regno degli Aragonesi (XV secolo). Con Ferdinando I d’Aragona il Castello di Manfredonia fu rinnovato e adeguato all’utilizzo della polvere da sparo con l’aggiunta di un fossato e di una nuova cortina muraria esterna composta da quattro torrioni circolari angolari; uno di questi fu trasformato dai vicerè spagnoli, alla metà del XVI secolo, nel bastione pentagonale dell’Annunziata. Dopo il saccheggio dei turchi nel 1620 il castello perse la sua funzione difensiva e nei secoli fu utilizzato per scopi diversi, finché nel 1968 fu donato allo Stato perché fosse adattato a Museo, dove conservare i principali rinvenimenti archeologici dell’area del Gargano e del Tavoliere. La nascita del primo nucleo della collezione del Museo è legata alla scoperta delle stele daunie e alla figura di Silvio Ferri, archeologo toscano, che intorno alla metà del secolo scorso seguì personalmente il recupero di questi straordinari reperti in pietra, rinvenuti principalmente nelle campagne del territorio sipontino, spesso riutilizzati nei muretti a secco e nei pavimenti delle stalle. La sua opera di sensibilizzazione sul territorio, affinché i reperti venissero trasferiti al castello e adeguatamente valorizzati, si concluse positivamente nel 1968 con la donazione del Castello allo Stato italiano.

Il percorso espositivo segue un criterio cronologico che si snoda in quattro sale principali, arricchite da spazi di approfondimento dedicati a rinvenimenti particolarmente importanti del territorio della Puglia settentrionale, dalla Preistoria alla fine dell’età arcaica. Al primo piano sono presenti due sale: una dedicata alla Preistoria (sala 1, La Preistoria. Venti del Neolitico. Uomini del rame) e l’altra all’età del Bronzo (sala 2, Metropoli dell’età del Bronzo). La prima sezione della Sala 1 racconta gli aspetti principali del Neolitico nel Nord della Puglia; un breve sguardo è rivolto qui all’introduzione di un’economia capace di produrre il proprio cibo, basata sull’agricoltura e sull’allevamento, con la nascita dei primi stabili villaggi all’aperto, circondati da fossati concentrici (Masseria Candelaro, Passo di Corvo, Monte Aquilone, Ripa Tetta). Risale a questo periodo la produzione di ceramica per conservare, cuocere e consumare i cibi, la diffusione della tecnica di estrazione della selce, la lavorazione della pietra e delle materie dure animali (osso e corno). L’ultima sezione si conclude con l’età del Rame, o Eneolitico, periodo in cui i principali cambiamenti sono legati all’introduzione del rame e soprattutto allo sviluppo di aspetti ideologici, credenze e rituali funerari via via più articolati.
Il percorso di visita prosegue nella sala 2, con le principali testimonianze dell’età del Bronzo, un periodo che si estende dal 2300 al 1000 a.C. e segna l’inizio della Protostoria. In questo lungo arco di tempo si attuarono profondi cambiamenti e si produssero fondamentali innovazioni, legate soprattutto alla scoperta della metallurgia del bronzo, lega metallica di rame e stagno di straordinaria resistenza. Tra i cambiamenti più importanti nel modo di abitare, si assiste alla nascita a partire dal Bronzo medio di grandi insediamenti fortificati, tra cui Coppa Nevigata, Punta Manaccora e Madonna di Ripalta, le cui testimonianze principali sono raccontate per la prima volta nell’esposizione. Al piano terra le ultime due sale sono dedicate alla civiltà dei Dauni. La sala 3, I Dauni. La terra del re straniero illustra i reperti provenienti dai contesti funerari dei principali centri della Puglia settentrionale abitati in età preromana dai Dauni, mentre l’ultima sezione del percorso espositivo (sala 4) ospita la più ricca e famosa collezione di stele daunie del mondo, unica nel suo genere per la conoscenza artistica della civiltà daunia.